AFJは設立以来、海外の多くの研究機関とさまざまなプログラムを実施してまいりました。とりわけ、CICIRとは、1989年から毎年『日中シンポジウム』を実施し、その歴史は20年を超えました。また、米国のシンクタンクとは、日米政策協調の観点から多様な分野での共同研究を続けており、その一環として2006年には米国のハドソン研究所との共催で東京において国際会議（Bridging Asia: Japan-U.S.-India Dialogue）を開催いたしました。また、2008年には英国王立統合防衛安全保障研究所（RUSI）との共催で、国際会議、「日英安全保障協力への展望（Japan-UK Security Co-operation）」を東京の英国大使館公邸において開催するなどしてきました。